תמונה: ועידת ניקיאה הראשונה

עוד לפני תחילת התקופה הביזנטית וגם במהלכה התחוללו פילוגים בדת הנוצרית על רקע של ויכוחים תיאולוגיים. לחילוקי הדעות התאולוגיים נוספו גם מאבקים פוליטיים – חלקם בתוך הכנסייה וחלקם בקרב השלטונות. הוויכוחים התיאולוגיים בתקופה הביזנטית התמקדו ברובם בשאלת טבעו של ישו, ובקשר בין טבעו האלוהי לטבעו האנושי. להלן הפילוגים העיקריים:

1. המחלוקת האריאנית הייתה בשאלה: האם האב והבן הן ישויות אלוהיות שוות, או שהבן, ישו, הוא בעל טבע אנושי, והוא ישות שאינה שווה לאב במהותה. האפשרות השנייה, האריאנית, על שמו של אריוס מאלכסנדריה שהחל בהפצתה, הוכרזה כאפשרות כופרת (מִינוּת) בוועידת ניקאה, בשנת 325.
2. המחלוקת הנֶסְטוֹרִיָאנִית – במאה ה- 5 טען הפטריארך של קונסטנטינופוליס, נֶסְטוֹרִיוֹס, שלישו יש שני "טבעים" נפרדים – טבע אלוהי וטבע אנושי. לפיכך יש לכנות את מרים "יולדת המשיח" ולא "יולדת האל". וועידת אפסוס בשנת 431 דחתה רעיון זה והכריזה על כך שבישו התאחדו שני הטבעים וכי מרים היא "יולדת האל" ("תֶאוֹטוֹקוֹס").
3. המחלוקת המונופיזיטית – זמן קצר אחרי התעוררות המחלוקת הנסטוריאנית התעוררה תפיסה הפוכה לחלוטין, על פיה לישו היה אך ורק טבע אחד – טבע אלוהי (מונו = אחד, פיזי = טבע) ואת הדמות האנושית הוא לבש רק למראית עין. המונופיזיטים הוכרזו כמינים (כופרים) בוועידת כלקדון בשנת 451, בה שבו והכריזו גם על הנסטוריאנים כמינים. מכאן ואילך הזרם המרכזי של הנצרות יחזיק בתפיסה דיופיזיטית – לישו יש שני טבעים (דיו = שתיים) – אלוהי ואנושי – והם מתקיימים בו ביחד.
4. צבירת עצמה בידי הפטריארך של רומא (האפיפיור) הובילה במאה ה- 11 לפילוג בין הנצרות המערבית (הקתולית) לבין הנצרות המזרחית (האורתודוכסית), שאינה מקבלת את סמכות האפיפיור.
5. במאה ה- 16, בעקבות הרפורמציה התפלגו מהכנסייה הקתולית הפרוטסטנטים, שראו את מקור הסמכות הדתית לא באנשי הכנסייה אלא בכתבי הקודש.