קנקן "מגילות" ומכסה

כת האיסיים – אחת משלוש התנועות הדתיות העיקריות של יהודים בימי בית שני. למרות זאת, היו חוקרים לא מעטים שלא הסכימו עם השערה זו, והועלו הצעות שונות: היו מי שייחסו את המגילות לפרושים, אחרים לצדוקים, אחרים לנוצרים הקדומים, אחרים לקנאים, אחרים טענו שהן היו שייכות לספריית המקדש, והיה גם מי שטען שמדובר בכתבים של הקראים. כת האיסיים, שם נוסף עדת היחד, נוצרה עקב מחלוקות קשות לגבי עבודת המקדש. אי הסכמה זו גרמה להם לפרוש מכלל ישראל ולנטוש את בית המקדש. חבריה היו גברים רווקים בלבד, הם חיו חיים משותפים והתחלקו ברכוש. אנשי הכת היו הקהילה הנזירית הראשונה בעולם המערבי. חברי הכת היו בדלניים, ומטרתם הסופית היתה לחזור לירושליים ולהחזיר את עבודת האל בדרך טהורה. אולם בשנת 68 לספירה, הגיע הצבא הרומאי לאזור קומראן ומצדה בדרכו לירושליים להכניע את המרד הגדול והרס את היישוב לחלוטין.

המגילות התגלו על ידי רועה צאן בדואי בשם מוחמד א-דיב בסתיו 1946, זרק אבן למערה במטרה להבריח משם עז שהלכה לאיבוד ובמקומה מצא כדי חרס ובתוכם גווילי עור. העביר אותם לבדיקה לסוחר עתיקות מקומי וחזר למערות בסביבה ומצא עוד מספר מגילות. סוחר העתיקות מכר את המגילות לכומר נוצרי מהעדה הסורית, המטרופוליט אתנסיוס ישוע שמואל. בנובמבר 1947 נודע לפרופסור אליעזר סוקניק על כתבי יד עתיקים העומדים למכירה, ב-29 בנובמבר נסע לבית לחם ורכש 2 מגילות. פרופסור סוקניק קבע כי אלו שרידים מספריית כת האיסיים. כעבור חודשיים הוצעו שאר המגילות לסוקניק למכירה אולם בגלל מלחמת העצמאות וקשיי התקשורת, לא הצליח לרכוש אותן. הכומר ברח עם המגילות לארצות הברית והתקשה למכרן בגלל שהוברחו באופן בלתי חוקי מישראל. בשנת 1954 הגיע יגאל ידין, רמטכ"ל לשעבר ובנו של פרופסור סוקניק, למסע הרצאות בארה"ב ומצא מודעה על מכירת כתבי יד מקראיים, לאחר תיווך רכש את כל המגילות מהכומר. התורמים שעזרו לרכוש את המגילות עזרו להקים את היכל הספר במוזיאון ישראל לצורך הצגת המגילות לציבור.
עד שנת 1956 נמצאו עוד 11 מערות ו-800 מגילות. המערות נמצאו ונחקרו באזורים שונים במדבר יהודה ואזור קומראן על ידי הארכיאולוגיים ועל ידי הבדואים שלא ויתרו על האוצרות, גם לאחר שהארכיאולוגים הרימו ידיים.